對各種來源的外泌體進行蛋白質組學的定性定量分析被統稱為外泌體蛋白質組學,可用于研究外泌體蛋白質在免疫調節、抗原呈遞、癌癥轉移、腫瘤浸潤、血管新生、神經發育中的生物學功能,亦可揭示其在標志物的篩選與鑒定、藥物靶點的發現以及功能機制中的作用。